当館の愛称「アクアマリンふくしま」は、多くの方々に愛され、また親しんでもらえるよう、平成10年に全国公募を行い、応募された総数4,722点の作品の中から選考されたものです。
この愛称は、当館が水族館(アクアリウム)と海洋博物館・科学館(マリンミュージアム)の機能を併せ持った施設であることから、その特徴を、それぞれの英文字を組み合わせて「アクアマリン」という簡潔で分かりやすい表現でまとめられています。
また、この愛称は、ガラス屋根のドーム構造である当館が、太陽光によって宝石のアクアマリンのようにきらきら輝いている様子をイメージできるものであり、ロマンや夢を抱くことのできる、多くの人に愛される表現となっているとともに、航海の無事を祈るお守りとして知られている宝石アクアマリンのように、港に出入りする船の安全を守るシンボル的存在となることを期待する意味が込められています。
なお、応募作品のうち、優秀賞に選考された「ウミノス」と「アクアクロス」は、現在、当館のミュージアムショップとレストランの名称となっております。